Urodził się w Białej Krakowskiej, był synem nauczyciela Tytusa Zegadłowicza i Elżbiety Kaiszarówny. Dzieciństwo spędził w Gorzeniu Górnym niedaleko Wadowic, gdzie jego ojciec miał dwór letniskowy. Uczęszczał do gimnazjum w Wadowicach, ukończył je w 1906. Studiował polonistykę, germanistykę i historię sztuki na UJ, a następnie w Wiedniu i w Dreźnie.
W latach 1919–1921 pracował w Ministerstwie Kultury i Sztuki, gdzie był urzędnikiem Wydziału Literatury. W latach 1929–1931 mieszkał w Poznaniu, pracując jako kierownik literacki Teatru Polskiego, doradca Księgarni św. Wojciecha, redaktor czasopism. W 1932 wrócił do Gorzenia. Pracował wówczas w teatrze katowickim i wykładał historię sztuki w konserwatorium w Katowicach. W 1936 nawiązał współpracę z jednolitofrontowym „Dziennikiem Popularnym”.
27 lipca 1915 poślubił Marię Kurowską, ze związku tego urodziły się dwie córki Halszka (1916-1966) i Atessa (1920-2013).
Zmarł w Sosnowcu w wieku 52 lat. Pochowany jest na cmentarzu parafii św. Tomasza na pograniczu Pogoni i Małobądza (w granicach Będzina).
Zadebiutował w 1908. W 1921 wszedł do redakcji czasopisma „Ponowa”. W tym samym roku wraz z Edwardem Kozikowskim założył w Gorzeniu Górnym grupę poetycką „Czartak” (działała do 1929 r.) i zainicjował wydawanie czasopisma „Czartak”. W 1928 był współzałożycielem kabaretu Ździebko w Poznaniu.
Pisał poezje, organizował spotkania artystów, gromadził wiele artystycznych dzieł. Dał się poznać jako znakomity (choć także mocno krytykowany) tłumacz z języka niemieckiego (Faust Goethego). Był odkrywcą swoistego fenomenu rzeźbiarstwa ludowego – świątkarza Jędrzeja Wowry.
W 1930 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (1930),a w 1935 – Złotym Wawrzynem Akademickim Polskiej Akademii Literatury. W 1933 z okazji dwudziestopięciolecia twórczości otrzymał honorowe obywatelstwo Wadowic. Po wydaniu powieści pt. Zmory, w której przedstawione zostały Wadowice w czasie sprzed I wojny światowej, na początku lutego 1936 Rada Miejska odebrała Zegadłowiczowi honorowe obywatelstwo miasta oraz przywróciła ulicy jego imienia poprzednią nazwę (Tatrzańska).
Przygody Mika Srebrempisanego z Wołkowic - ileż tu śmiechu i pomysłowości!, ale przede wszystkim udręki i grozy podczas nauki w caracie austriackim. Troszkę Gombrowiczowsko, troszkę w stylu Żeromskiego i jego "Syzyfowych Prac".
Symptomatyczny i spermatoidalny czas dojrzewania w oparach śmierci i seksu na katafalku.
,,Zmory" Emila Zegadłowicza zaczęłam czytać nie wiedząc nic o tej książce . Byłam bliska zrobienia dnf, ponieważ początek był dosyć nudny, styl tej książki mnie nie zachwycił , pomimo, że Zmory napisane były w dwudziestoleciu międzywojennym wyraźnie czuć manierę młodopolską , z całym jej patosem , podniosłością, za którą ja nie przepadam. Finalnie książka okazała się bardzo dobra. Opowiada o procesie dojrzewania Mikołaja Srebrempisanego , młodego chłopca ,który odkrywa swoją seksualność i z tego powodu przeżywa wiele rozterek.Smaczku książce nadaje fakt, że władze Wadowic, opisanych w Zmorach jako Wołkowice, odebrały Zegadłowiczowi tytuł honorowego obywatela miasta. Autor po pierwsze budził zgorszenie pisząc o seksie i erotyce, po drugie naraził się wadowiczanom opisując środowisko małego miasteczka, drobnomieszczaństwo tej społeczności, zawiść, zaściankowość i hipokryzję. Nie oszczędził również kleru i systemu edukacji. Myślę, że Rzecznik Praw Dziecka miałby w Wołkowicach w 1936 roku pełne ręce roboty, biorąc pod uwagę jak traktowano dzieci w szkole i w domu. Dziadek zwracał się do Mikołaja,, ... świnia, wieprz, wesz, drzwi tobą wybiję..." a Babcia kiedy chorował zostawiła go na pastwę losu i stwierdziła, że ,, jak ma żyć, to będzie żyć...
Brak słów. Książka warta uwagi.